Saasvergelijker.nl
Vergelijking

Beste boekhoudsoftware voor webshops (2026)

Welke boekhoudsoftware werkt het beste met Shopify, WooCommerce of Lightspeed? Drie pakketten vergeleken op koppelingen, schaalbaarheid en kosten voor webshop-eigenaren.

Bijgewerkt: mei 2026

Wat een webshop nodig heeft uit boekhoudsoftware

Webshops genereren veel transacties — vaak honderden tot duizenden per maand. Dat stelt drie eisen aan je boekhoudpakket: (1) een goede koppeling met je webshopplatform zodat orders automatisch facturen worden, (2) ruime banktransactie-limieten of onbeperkt, en (3) een schaalbaar prijsmodel dat niet uit de hand loopt als je groeit. Onze top drie hierna scoren op alle drie de punten — met andere accenten per pakket.

Onze top drie in 60 seconden

  • **Moneybird** — de beste integraties voor moderne webshops (Shopify, WooCommerce, Lightspeed, 750+ apps via Zapier).
  • **Exact Online** — voor groeiende webshops met voorraadbeheer en multi-channel verkoop.
  • **e-Boekhouden** — solide, betaalbare basis voor beginnende webshops.

1. Moneybird — beste keus voor de gemiddelde webshop

Moneybird heeft de breedste set webshop-koppelingen van alle Nederlandse pakketten. Shopify, WooCommerce, Mijnwebwinkel, Lightspeed — allemaal koppelen direct. Plus 750+ andere apps via Zapier. Bij elke order wordt automatisch een factuur aangemaakt en geboekt. Voor webshops met veel transacties is Professional (€ 39 / mnd) interessant: onbeperkt aantal transacties.

  • Vanafprijs: € 15 / mnd (Starter) · € 39 / mnd (Professional, onbeperkt)
  • Sterkste koppelingen: Shopify, WooCommerce, Lightspeed, Mollie, Mijnwebwinkel
  • Sterkste punt: directe koppelingen + zakelijke betaalrekening in één omgeving
  • Aandachtspunt: bij heel veel transacties of meerdere webshops kan Exact Online passender zijn

2. Exact Online — voor groei en voorraad

Exact Online is overkill voor de gemiddelde startende webshop maar onverslaanbaar zodra je voorraad bijhoudt, in meerdere kanalen verkoopt of een logistieke partner aanstuurt. Voorraadbeheer is ingebouwd, multi-channel verkoop werkt soepel, en er is een grote koppelingsbibliotheek voor e-commerce en fulfilment-tools.

  • Vanafprijs: € 49 / mnd (Essentials)
  • Sterkste koppelingen: WooCommerce, Magento, Lightspeed Retail, vele fulfilment-tools
  • Sterkste punt: voorraadbeheer + multi-channel uit het doos
  • Aandachtspunt: prijs schaalt mee — modules voor HR, CRM en voorraad worden apart afgerekend

3. e-Boekhouden — betaalbare instap voor jonge webshops

e-Boekhouden is de pragmatische keus voor de beginnende webshop-eigenaar: € 9,95 / mnd voor het ZZP/Mini-pakket, en 15 maanden volledig gratis als je KvK jonger is dan 15 maanden. De webshop-koppelingen zijn beperkter dan bij Moneybird, maar voldoende voor de meeste platforms via Mollie of via CSV-import. Voor lage-volume webshops een uitstekend startpunt.

  • Vanafprijs: € 9,95 / mnd · 15 maanden gratis voor starters
  • Koppelingen: beperkter dan Moneybird, geen publieke API
  • Sterkste punt: laagste prijs, ruime gratis periode voor starters
  • Aandachtspunt: bij groei naar 240+ boekingen per jaar schaal je automatisch door

Hoe wij selecteren

Voor webshop-pakketten kijken we naar koppelingen met de gangbare NL/EU webshop-platforms, schaalbaarheid bij transactievolume, en hoe het prijsmodel meegroeit. We baseren ons op publiek beschikbare informatie van de aanbieders zelf. Het volledige overzicht van Nederlandse boekhoudsoftware vind je op de vergelijkingspagina.

Wie kiest waarvoor?

  • **Startende webshop, weinig transacties**: e-Boekhouden — laagste drempel, 15 maanden gratis voor KvK-jong
  • **Actieve Shopify- of WooCommerce-shop**: Moneybird — beste out-of-the-box koppelingen
  • **Webshop met voorraad of meerdere kanalen**: Exact Online — voorraad én multi-channel
  • **Webshop + boekhouden + zakelijke rekening in één**: Moneybird — uniek in NL
Veelgestelde vragen

Vragen & antwoorden

Welke boekhoudsoftware koppelt het beste met Shopify?

Moneybird heeft een directe Shopify-koppeling die bij elke order automatisch een factuur aanmaakt. Exact Online en e-Boekhouden ondersteunen Shopify via Mollie of via koppel-tools van derden.

Welke past bij een WooCommerce-webshop?

Moneybird en Exact Online hebben beide directe WooCommerce-koppelingen. Voor een lichte webshop is Moneybird vaak voldoende; voor een grote webshop met voorraadbeheer is Exact Online robuuster.

Wat is goedkoper bij veel transacties?

Moneybird Professional kost € 39 per maand met onbeperkte transacties. Bij e-Boekhouden schaal je automatisch door als je boven 240 boekingen per jaar komt. Exact Online start hoger (€ 49 / mnd) maar inclusief voorraadbeheer.

Heb ik voorraadbeheer nodig in mijn boekhoudsoftware?

Voor diensten en digitale producten: nee. Voor fysieke producten: handig maar niet altijd noodzakelijk — veel webshops gebruiken hun webshop-platform voor voorraad en boekhouden alleen voor de financiële kant. Heb je een groot assortiment of werk je met een fulfilment-partij? Dan is voorraad in je boekhouding handig — Exact Online doet dat goed.

Hoe houd ik btw bij voor verkopen in andere EU-landen?

Alle drie de pakketten ondersteunen de OSS-regeling (One-Stop-Shop) voor EU-verkopen aan particulieren. Voor B2B-verkopen aan EU-bedrijven wordt btw verlegd; ook dat handelen alle pakketten correct af.

Vergelijk Nederlandse boekhoudsoftware.

Zeven pakketten naast elkaar op prijs, functies en koppelingen. Onafhankelijk, zonder ranglijsten.

Naar de vergelijking